Los primeros pobladores primitivos llegaron a la Altiplanicie Cundiboyacense hace aproximadamente 12.000 años. El Hombre Temprano u Homo del Tequendama data del 6.375 ac. y encontraron esqueletos humanos, utensilios de hueso y artefactos líticos o de piedra. En el territorio de la ciudad se han encontrado huellas arqueológicas desde el año 150 antes de Cristo. Durante más de dos mil años se establecieron distintos grupos humanos en Tunja. Los científicos del Grupo de Arqueológico de la UPTC, indican que en Tunja, el Hombre prehistórico procede de diversos pueblos que se establecieron en estas tierras. Hacia el primer milenio después de Cristo. penetraron a estas tierras de Tunja los Muiscas, un pueblo de la familia Chibcha proveniente de Centroamérica. Su vía de inmigración posiblemente fue a través de Panamá hacia la Región Andina. Los habitantes son directos descendientes de estas tribus.